209系500番台
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 1998年登場。老朽化の進み故障が頻発した103系を急遽置き換えるべく製造されたグループである。同時期には209系950番台(後のE231系900番台)が製造されていたため、本番台もそれと同じく幅広車体となり従来の車両と印象が大幅に変わっている。同車に比べるとこちらは前面のFRPが白色に塗装されている他、6扉車を連結していない点やパンタグラフが外観の差異となっている。尚、機器類は基本的に従来の209系に準じており、TIMS等は採用されていないが行き先表示器がLEDになる等の変更点もある。内装はE217系のロングシート車とほぼ同一であり、扉鴨居部のLED式案内表示器も変わらずに設置されている。また、従来の209系では固定窓であった側窓の一部が下降窓となり開閉可能となった。1998年に10連9本、1999年に10連8本が製造されたが、このうち1999年に製造された車両ではJR東日本の首都圏の通勤型車両で初めてシングルアームパンタグラフが本格的に採用されている他、同時期に製造された1000番台と同じく主電動機がE231系900番台で採用されたものに変更されている。元々がE231系量産車登場までの繋ぎとして製造されたため、2000年以降は増備されずに終わった。当初は中央・総武緩行線に在籍していたが、後に京浜東北線・京葉線・武蔵野線に転属する車両も現れている。武蔵野線転属に際して既に中間付随車が廃車となっており、それ以外の車両は現役で使用されていたが、中央・総武緩行線からの転出に際しては更なる廃車が発生している。中央・総武緩行線用の車両には、2008年に209系では唯一自動放送装置が搭載されていたが、E231系500番台の転入に伴い2019年に全編成運用を離脱し、編成縮小のうえ京葉車両センター・川越車両センターに転出した。

 2008,09,07 阿佐ヶ谷


■Variation
 京浜東北線に在籍していた209系500番台。輸送力増強や900番台の置き換え等を目的に中央・総武緩行線から転入し、最盛期は10連5本が在籍していた。これは2007年以降E233系へと置き換えられ、2009年には京浜東北線から撤退している。この後、4本は京葉線に転属し、1本は中央・総武線へと戻った。

 2008,04,09 大 宮
 209系500番台の最も多く在籍する三鷹車両センターの209系の中でも異色のミツC516編成。この編成は落成当初習志野電車区に配置され中央総武緩行線で活躍したが、D-ATC対応工事に伴う予備車増の影響を受け、浦和電車区に転用し京浜東北線で使用。その後山手線用E231系中間車の配給輸送に三鷹のE231系1本を活用することから、その代替として同センターに転属の上中央総武緩行線に復帰するという経歴を持っている。現在この編成は京葉車両センターに転出し、武蔵野線で使用されている。

 2017,01,29 船 橋
 京葉線へと転属した209系500番台。205系と同じく赤14号の帯を巻いた姿が特徴である。最盛期には10連4本が在籍したが、こちらもE233系への置き換えが進み、現在は1本のみの在籍となっている。置き換えられた車両は8両編成に編成縮小の上で武蔵野線に移ったが、この際に中間車2両は廃車されている。尚、武蔵野線への転属にあたって所属区の変更はなく(同じく京葉車両センターに在籍)、珍しい事例となった。

 2009,02,02 新木場
 機器更新を受けた209系500番台。2016年末より京葉車両センターに在籍する209系を対象に機器更新が開始されており、第1陣として京葉線に1本のみ残っていたケヨ34編成が機器更新された。他の209系機器更新車と同じくE233系に準じた走行機器へと換装されているが、現状ではブレーキ装置の換装がなされておらず、緩解音が従来のままとなっている点が特徴である。この他ドアエンジンの換装等もなされているが、自動放送装置等は設置されていない。2017年以降は武蔵野線用の209系についても機器更新が開始されている。

 2017,01,29 蘇 我
 京葉線のE233系投入に伴い更に武蔵野線へと転じた209系500番台。中間付随車2両を抜いた8両編成となり、205系と同じ色の帯を纏っている。205系とは共通で運用されており、線内・京葉線直通運用の他むさしの号等の大宮発着列車にも充当される。尚、この転属で余剰となった車両は廃車されている。2018年からは更に中央・総武緩行線からも導入が進み、現在は8連11本の陣容となった

 2012,08,11 新松戸
2018/08/31